ศาสตราจารย์ ดร. นพ. นิพนธ์ ฉัตรทิพากร ได้รับรางวัลแห่งความภาคภูมิใจของคณะแพทยศาสตร์ ในงานเลี้ยงแสดงความยินดีแด่ศาสตราจารย์เกียรติคุณ เมธีวิจัยอาวุโส นักวิทยาศาสตร์ดีเด่น นักเทคโนโลยี ดีเด่น และบัณฑิตที่เป็นความภาคภูมิใจของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ จัดโดยคณะแพทยศาสตร์ ณ โรงแรมมพีเรียลแม่ปิง อ.เมือง จ.เชียงใหม่ เมื่อวันที่ 20 มกราคม 2556 โดยมี รศ.นพ.นิเวศน์ นันทจิต อธิการบดีมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เป็นประธาน